A origem do município de Paraibuna data de meados do século XVII. Conta-se que alguns sertanistas vindos de Taubaté, descendo o rio Paraitinga até o ponto de confluência com o rio Paraibuna, afastaram-se da beira dos rios e pararam para descansar a dois quilômetros do local. Essas terras originalmente pertenciam aos índios guaianazes.

Em 13 de junho de 1666, celebrava-se a festa de Santo Antônio de Lisboa e, em ação de graças pelo êxito da viagem, fizeram uma promessa de que nesse lugar fundariam uma povoação. Surgiu, assim, a primeira capela, ao redor da qual fundou-se, em 23 de junho de 1773, o povoado que recebeu o nome de Santo Antônio da Barra da Paraibuna.

Com o decorrer dos anos e sabedor da prosperidade do local, o capitão-general de São Paulo resolveu nomear um fundador para Paraibuna, que foi Manuel Antônio de Carvalho. Os moradores locais eram brasileiros, portugueses e alguns índios semicivilizados.

Em 20 de agosto de 1812, foi criada a freguesia com o nome de Santo Antônio de Paraibuna, em terras do município de Jacareí. A freguesia estava em pleno desenvolvimento e passou a vila em 10 de julho de 1832. Apenas recebeu o foro de cidade em 30 de abril de 1857.